La réforme s'implanta de bonne heure dans l'île d'Oléron. Dès 1546, un dominicain, Hubert Robin, vint répandre à Saint Denis les idées de Luther. Son activité n'échappa pas aux autorités religieuses, et Hubert Robin fut arrêté, condamné à la dégradation, mais réussit à s'évader avant son transfert à Bordeaux. Un ancien prêtre, Philibert Hamelin, vint continuer l'oeuvre de Robin. Il put échapper aux poursuites, mais fut repris quelques années plus tard, condamné et exécuté. Selon Marc-Antoine, les réformés oléronnais se révoltèrent en 1548, pillant et saccageant les églises, particulièrement celle du prieuré de La Perroche. En 1577, ce fut au tour de l'église de Saint Pierre d'être dépouillée de sa grosse cloche qui fut vendue à La Rochelle pour acheter des pièces d'artillerie. Les ministres du culte protestant se succèdent : Charles Léopard, Alexandre Guillotin, Jean Boquin, Jean Boisseau,... Les dissensions et les haines entre catholiques et réformés grandissent et on ne tarda pas à en venir aux mains. En 1561 les protestants massacrèrent le prieur de Saint Trojan, avant de poursuivre au Château, à Dolus où 11 prêtres furent massacrés, à Saint Pierre. L'île d'Oléron fut, pendant toutes les guerres de religion qui ont dévasté la Saintonge, une importante position stratégique. Elle fut successivement prise et reprise par les catholiques et les protestants, et fut ruinée par les combats incessants. L'édit de Nantes ramena, pour un temps, la paix religieuse sur l'île. Les protestants et les catholiques exercèrent leurs cultes respectifs côte à côte. Mais la proximité de La Rochelle, une des places de sûreté accordées aux protestants, vint troubler la tranquillité retrouvée. Dès 1621 les combats reprirent. C'est la chute de La Rochelle, en 1628, qui marqua pour l'île d'Oléron la fin des guerres de religion. Mais les tribulations des protestants étaient loin d'être terminées, elles allèrent en s'aggravant jusqu'à la révocation de l'Edit de Nantes. Les familles dont la foi était la plus solide quittèrent l'île, les autres se convertirent. Mais des réunions clandestines continuaient de se dérouler, le nombre de protestants diminua très lentement, et il reste encore de nos jours une minorité de protestants.
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